En fonction de la variante de la maladie, les symptômes peuvent différer. En effet, certains patients peuvent avoir des symptômes d'intensité plus légère, ou avoir seulement certains d'entre eux.
Le gène affecté dans MCOPS12 est le gène du récepteur bêta de l'acide rétinoïque (RARβ) qui est situé sur le bras court du chromosome 3. Il sert à coder la protéine du récepteur bêta de l'acide rétinoïque et permet donc de réguler l'expression de nombreux gènes dans le corps. RARβ est un facteur de transcription, c'est-à-dire que ses protéines contrôlent le taux de transcription de l'information génétique de l'ADN à l'ARN messager. Par conséquent, la mutation de RARβ altère la transcription des gènes dans les cellules visées.
Le gène concerné joue un rôle fondamental dans le développement des yeux, du diaphragme et du cœur. C'est pourquoi MCOPS peut amener à de la microphtalmie ou une malformation cardiaque congénitale. Le développement de certaines régions du cerveau est également affecté, notamment celui du cortex préfrontal (qui agit sur le langage, la mémoire, ou encore le raisonnement) et du striatum (permettant de contrôler les mouvements et l'apprentissage). Cela explique donc également les problèmes de motricité ou la déficience cognitive chez les personnes atteintes de MCOPS 12.